У меня ВНЖ РФ приехала в январе, если подожду регулярные рейсы, ничего не будет с моими документами?

Ничего с вашими документами не будет . Или у вас срок Внж кончается?

Аннулирование документов.

Могут и аннулирован, т. к вы не должны находится боле 6 месяцев за один год находится за пределами РФ. у вас есть основания въезда Рф и УФМС этого знает и в курсе что прилетает люди с ВНЖ.