Регистрация в течении трех дней: есть надежные компании, которые могут помочь в этом? Регистрируют ли отели и тп? Насколько отели, хостелы развиты в столице и за её пределами?

За пределами в крупных тур городах - Самарканд, Бухара, Хива — там все норм В отелях регистрируют по приезду автоматом, попросят ваш паспорт и зарегают.

В столице отелей куча, выбирайте на букинге, потом лучше позвонить и забронировать, цены могут быть чуть ниже чем на букинге.