подскажите пожалуйста кто шарит в перелётах) Нашла рейс air Arabia в Шри-Ланку с пересадкой 1 час в Шардже, но напрягает пометка что это чартер.

У чартера могут время поменять в пределах суток.

Есть агентства, которые занимаются только чартерными билетами, которые они выкупают у туроператоров. Все билеты от таких агентов маркируются на поисковиках как чартерные. В данном случае, аир арабия - регулярные рейсы, не чартерные. Поэтому разницы нет, купите ли вы этот билет напрямую у авиакомпании или через агентство. Вопрос только, где выгоднее это сделать. Сам билет ничем отличаться не будет.