А если я возьму билет мск-бангкок-самуи прокатит? где мне придется проходить карантин, в бангкоке или на самуи?

Смотря какой билет возьмёте. Если Аэрофлот то у них есть рейс по программе песочница и карантин будете сидеть на Самуи. Возможно аналогичные рейсы есть и у других авиакомпаний.