Здравствуйте! Подскажите, пожалуйста , какой город является концом границы РФ при перелёте Москва-Доха?

Не совсем понятен ваш вопрос, границу вы Пересекаете в Москве. Пролетите вы над Российско-Грузинской границей,те последним крупным городом маршрута будет скорее Владикавказ.