На филипинах в выходные дни (суббота, воскресение) транспорт работает?

Конечно. Транспорт работает вне зависимости от дней недели. В каждом регионе набор средств передвижения может быть свой. Если в Маниле, к примеру, есть все - метро, автобусы, такси, джипни и трайсиклы, то в провинции могут быть только последние.

Да, работает.