Медицинская помощь осуществляется государственными и частными медицинскими учреждениями, под общим руководством министерства здравоохранения. В 1995 году насчитывалось около 7 тысяч стационарных больниц и поликлиник, 20 тысяч медпунктов полного профиля.
Имеется также сеть передвижных медцентров. Кроме того, 250 тысяч пунктов сочетают функции фельдшерской помощи и консультационного центра национальной программы планирования семьи. Ощущается нехватка медперсонала (общая численность врачей составляет около 30 тысяч, 100% из них практикуют в крупных городах).
Подготовку врачей ведут 24 медицинских университета (ежегодный выпуск составляет свыше 1 тысячи человек). Сохраняются резкие различия в уровне медицинского обслуживания, в частности, между медициной острова Явы и другими районами, между городской и сельской местностью, социальными слоями и группами, религиозными общинами.
Периодически вспыхивают эпидемии холеры, дифтерии, различных видов лихорадки, слоновой болезни, коклюша. Более 25 миллионов детей контролируются специальной программой охраны здоровья, что способствовало резкому снижению детской смертности.
Около 30% расходов на здравоохранение приходится на финансирование национальной программы планирования семьи, направленной на сокращение темпов рождаемости (в 1996 году охватывала почти 23 миллиона супружеских пар). Основные исследования в области здравоохранения ведутся на медицинских факультетах, заметное место занимает традиционная восточная медицина.
Народная медицина жива по всему архипелагу. Это обусловлено традиционными связями Китая и Индонезии. Предприимчивые китайцы расселялись по всей Юго-Восточной Азии на протяжении всей истории этого региона. Эта тенденция особенно усилилась во второй половине ХХ века. Уже к началу 70-х годов китайское этническое меньшинство в Индонезии насчитывало около 4 миллионов, что составляло 3% от всего населения.
Однако китайцы контролировали более чем одну треть ВНП Индонезии. В 90-х годах китайцы контролировали почти всю местную розничную торговлю. Они доминировали в частных предприятиях, страховых компаниях. В их руках находится почти вся фармацевтическая промышленность, торговля продовольственными товарами и народная традиционная медицина.
Различные формы духовного исцеления практикуются шаманами, медиумами и другими целителями в городских и сельских районах. Многие люди считают, что ритуальные и социальные промахи могут привести к несчастью, которое включает в себя болезнь. Народные целители могут диагностировать источник и иметь дело с проблемами, которые можно решить иногда по средствам черной магии.
На Бали врачи, прошедшие подготовку в современной медицине также могут практиковать духовное исцеление. Обвинения в колдовстве и нападения на предполагаемых колдунов не являются редкостью во многих областях и являются наиболее частыми во времена социальных, экономических и политических волнений.