Медико-санитарные условия в Экваториальной Гвинее плохо организованы, болезни усугубляются отсутствием санитарии. Существует высокая детская смертность, и продолжительность жизни среднестатистического жителя составляет всего пятьдесят три года от роду (пятьдесят один год для мужчин и пятьдесят пять для женщин).
Среди распространенных болезней первые места занимают недоедание и малярия. Система здравоохранения концентрируется на профилактической медицине, но это не может компенсировать острую нехватку поставок медикаментов и отсутствие медицинского персонала.