Подскажите если лететь с картой Казахстана , я смогу беспрепятственно в Японии снимать и класть доллары в банкоматах ?

Класть не сможете. Снимать скорее всего можно, но лучше у банка уточнить. Вдруг лимиты какие стоят и их нужно снимать по запросу (скорее всего не стоят, но лучше перестраховаться)

Снимать сможете только йены, не доллары

не стоит снимать, только в крайнем случае. платите просто с карты и все. я платил, списывали с мультивалютной с USD-счета, у меня получился курс руб\йена порядка 0.50-0.51 (с учетом по какому курсу я на этой карте рубли менял на USD). Меня это полностью устраивало и было гораздо удобнее, чем бегать по обменникам с USD в клюве.

Дополнительно было на 3 недели 500 USD с собой на всякий случай и 150 тыс йен наликом, купленным в Мск по курсу примерно 0.54 руб/йена