Подскажите пожалуйста, может ли гражданин Кыргызстана въехать в Кыргызстан на авто с Российскими номерами при случае, если авто оформленно на него?

Нет только на бумажных номерах!

через границу на Российских номерах пропускают только если владелец авто Россиянин…

Вин номер есть? С 3 мая теперь вот так:

Гражданам Кыргызской Республики запрещено въезжать на территорию Кыргызской Республики на автотранспортном средстве, зарегистрированном в другом государстве и не снятого с учета в стране регистрации (с иностранными регистрационными номерными знаками). Ввозить на территорию Кыргызской Республики указанные автотранспортные средства, разрешено только при условии их снятия с учета на территории другого государства и их последующей постановки на учет в Кыргызской Республике.