Если подаемся с мужем на визу в Венгрию вдвоем и оплачивает отель например муж, мне прикладывать чек об оплате с его карты? (ну и с билетами тоже самое).

Я делала. Но в визовом центре не взяли.

Взяли только один комплект документов по бронированию, так как вместе подавались

Мы сегодня подавали вдвоем, у нас взяли, хотя два одинаковых комплекта!

Делайте на каждого свой отдельный комплект документов. Не жалейте бумаги, это дешевле чем допечатывать потом в ВЦ.