А что делать в такой ситуации: у меня есть Шенген, но там осталось 3 дня всего до декабря, потом опять можно на 3 месяца.

Насколько я знаю, после официальной подачи документов на ВНЖ в Испании вы можете легально оставаться в стране на время рассмотрения. Однако касательно подачи, насколько я помню, для подачи именно внутри Испании нужно иметь в этот момент право пребывать здесь не менее чем какой-то период (точно больше 3-х дней). Получается, что они не просто дают возможность ждать в стране на время рассмотрения, а прямо контролируют такую опцию при подаче. Но если рассмотрение затянется - пребывать можно либо до принятия положительного решения (получаете разрешение на ВНЖ), либо при отказе выехать нужно не позднее двух недель. Но лучше консультация более осведомлённых людей)

Главное на дату подачи легально находиться на территории испании