Если вдруг к сожалению по какой то причине будет отказ в визе Японии, я узнаю сразу на месте о нем или так же как и на получение может быть ожидание несколько дней ?

только когда паспорт забирать будете

Если вам на месте вернут документы, то это не отказ. Это значит, что вам дают возможность что-то исправить/доложить и потом податься на визу

Отказ же получают после рассмотрения документов консулом, на 4-й день в Мск. И тут уже ничего не исправить, а только ждать полгода