Подскажите, если купила единый билет из Москвы в Шимкент через Алматы, хочу выйти в Алматы (в Шимкент не полечу дальше), Как мне забрать багаж в Алматы? Лечу SCAT.

Ни как. В Шымкенте только.

на стойке регистрации попросите зарегистрировать багаж до Алматы и проверьте ярлык, который вам выдадут. но они могут и отказать, лучше предварительно уточните это у авиакомпании