Подскажите, lcoca это для метро карта? она на жд между городами действует? Нам потом в киото, в Токио ехать

Для метро. Действует и на электричках между городами, но только на определённых маршрутах, нужно уточнять. Из Осаки в Киото по ней проехать можно, в из Осаки в Токио уже нет.

В самом Токио тоже можно использовать.

Кроме шинкансенов. В Киото и Токио тоже действует , не только в Осаке

На пригородные действует, как и на автобусы. В Киото, Нару, Кобе и т.д. можно по ней съездить. На синкансэн до Токио нужно отдельный билет покупать

Практически везде турникеты принимают ic карты.

Исключение: поезда с указанием мест, синкансены и автобусы в далёких деревнях.