Подскажите есть ли в Калининграде атмосферная кофейня, или небольшое уютное кафе, где нибудь в старых немецких домах или башнях?

Красная улица, 24 "Хомлины", в Закхаймских воротах, в Астрономическом бастионе есть.Возле музея янтаря в Росгартенских воротах ресторан, рядом с Королевскими воротами в редюите одноименный пивной ресторан

Есть, и не одно.

Например, Штайндамм 99 (Житомирская, 22)

Кофейня Густав Гроссманн и музей-немецкая квартира на Красной, 11

Кофейня в Закхаймских городских воротах (Литовский вал, 61)

Ещё кафе Хомлины на Красной, 24