Записался на получение паспорта Армении, Гражданство присвоили но после этого поменял паспорт. Будут какие то проблемы из за этого ?

У вас же есть отметки во внутреннем паспорте о заменах. Покажете штампики.

Нет не вызывают проблем, как и отмечено представьте погашенный паспорт или в новом должна быть отметка о старом паспорте