Подскажите, пожалуйста, если вылет из Филиппин на 31-й день получается, придётся ли платить штраф за просрочку в 1 день и сколько?

Вы правильно посчитайте. Первые сутки начинаются в 00.00 часов следующего за прибытием дня. Покинуть страну нужно до 24.00 часов 30 дня. Например, вы прилетели в час ночи 8 января( или в любое время 8 числа). Значит должны вылететь до 24.00 7 февраля