Подскажите, кто сталкивался с похожей ситуацией, нахожусь в Армении, прилетала сюда и вылетала из России по заграну.

Нет, можете спокойно летать по российскому паспорту. Никаких проблем не возникнет)

Я летала по разным паспортам, причина банальная была, авиакомпания не РФ и запрашивала загранпаспорт. Но правда гражданский был все равно, но его и не спросили

Можете

Я прилетела в РА по загранпаспорту, вылетала по внутреннему РФ

На армянской таможне посмотрели в комп и задали вопрос: Вы же прилетели по загран?

Я - да

Ок и все