Кто в курсе-нужно ли заполнять декларацию транзитным пассажирам летим через Баку? Будет выход в город на экскурсию.

Да, нужно. Выход в город, означает, что вы уже не будете через транзитную зону переходить. Соответственно должны пройти все процедуры регистрации, если есть что декларировать, то обязательно сделайте это.