Подскажите , есть ли транзитная зона в порту Сеула, где не надо проходить погранцов с кетой, если надо лететь в Токио? Или на Токио вылеты только после прохождения границы?

Уточните у своей а/к могут ли они вас зарегестрировать до конечной точки и зарегестрировать багаж сразу до Токио, для этого билеты должны быть единым бронированием. Если вам не нужно сдавать багаж или вы вообще без него и ваша а/к не лоукостер, то можно просто ждать в транзитной зоне без кета. Если вам нужно регистрировать свой багаж самой, то только с кета.