Есть желание в Японии посетить Киото, Осаку, Нару, подскажите пожалуйста, где в таком случае лучше снять отель в Киото или Осака?

В Осаке выгоднее. Где-нибудь в районе вокзалов

Там, где будет лучше предложение. От Осаки до Киото ехать полчаса, электрички ходят как метро (одна за одной). Либо на синкансене за 13 минут если много лишних денег. Но в Киото много ходить, смотреть. Захотите ли после этого ехать полчаса в поезде?

А вообще выбирайте от отеля.