Подскажите, есть ли разница между физической картой octopus и приложением octopus в Гонконге? Если да, то какая?

Это физическая, а то виртуальная. Физическую карту вы пополняете только наличными, а виртуальную онлайн. Чтобы вернуть физическую надо идти в MTR service centres, а у виртуальной деактивизация в приложении. Ну как-то так.

При возврате физической карты удержат HK$39, а при возврате виртуальной что-то вроде HK$5