Подскажите пожалуйста, летал кто-нибудь в рф ,где в рф документах одна фамилия ,а в Израильском другая ( поменяли при репатриации)? Будут ли проблемы при вылете из РФ?

Там в скобках старая указывается , как сказали в МВД еще 7 лет

Не будет. Постоянно так летаем. Приготовьте оба паспорта на всех контролях.

Нет. Пограничники могут спросить второй паспорт. Но вы пересчёте границу по российскому. Так что их это не должно волновать