Дочь уехала учиться в Японию по ученической визе, можно ли уехать из Японии в Южную Корею и вернуться в Россию из Южной Кореи? Или нужно возвращаться в Японию и обязательно в Россию вылетать оттуда?

Куда угодно можно вылететь, это ж не депортация, а самостоятельный выбор. Тем более, прямых рейсов в РФ нет

Да без разницы, хоть через Африку, если так захочется.

Главное не нарушать сроки визы, а через что лететь, уже выбор за вами.