Вопрос если оплачивать билет на автобус, часто на автовокзале есть только автоматические кассы. Если Алипей привязан к российскому номеру, эти кассы принимают оплату за автобусный билет или нет, и что сделать чтобы принимали?»

Автомату всё равно, к какому номеру привязан Alipay, если речь только о платеже. Если речь о каком-то мини-приложении или регистрации через alipay, то может не сработать из-за некитайских документов, а не номера. Это ничем не исправляется.