Подскажите пожалуйста, будет ли разница в налогообложении, если регистрироваться как ИП в Португалии, который оказывает только услуги и продажа товаров + услуги?

Нет, как регистрироваться, не важно. Разница возникает, если вы действительно работаете с товарами.

Вроде вопрос был или будет разница в налогах. Да, разница а налогах будет, но только для соц сегурансе. При TI у вас 21,4% , a при ENI - 25,1% от 70% базы. Плюс у вас может быть другой % для базы налогообложения для IRS