Кто нибудь сталкивался с таким, или знает может быть. Дети заключили брак в Грузии, и в переводе на русский и на немецкий свидетельства о браке, фамилия жены написана без склонения - «Иванов» а не «Иванова». Могут ли быть проблемы в будущем?

Конечно могут, в паспорте то иначе. Но многие конечно пойдут на встречу или не заметят. Над при согласовании перевода попросить перевести в соответствии с паспортом. Даже если в оригинале не верно, переводчик скорее всего бы пошёл на встречу, а нет, так найти другого.