Вместо справки с работы подойдет справка 2ндфл для визы Японии?

Нет, справка с места работы - это не 2-ндфл, это справка в свободной форме, подтверждающая факт работы.

Это же совсем разные справки. Они не взаимозамееяемы. Можно попробовать подать без справки с работы. У меня так прошло.