Подскажите, если моя основная цель - Амстердам, то в анкете на визу во Францию лучше писать, что я собираюсь лететь исключительно в Париж, да?

Конечно, никаких Амстердамов) Ну а кто знает, что Вы поедете на вокзал. Брони отеля в Париже подготовите, если спросят, легенда должна быть надёжной. Конечно документы могут и в поезде проверить, но риск минимальный. Пример маршрутного листа. Рейсы указываете реальные.

Лучше писать только Франция. Внутри шенгена границ нет и никто не узнает и ничего не скажет (да и не интересует никого, куда Вы поедите внутри шенгена).

Даже если Вы из другой страны Шенгена потом будете вылетать - никаких вопросов не будет. Французы, к счастью, не отслеживают строго использование своих виз.