Лечу в Афины через Стамбул. Подскажите пожалуйста, успею ли я сесть в 11 часов на самолет в Афины, если я прилетаю только в 9 часов. Быть может отдельный выход на транзит есть?

По разному бывает: 1. через транзит напрямую попадаете в зону посадки; 2. или проходите через контроль (чуть больше времени понадобится) минут на ~15. Вообще 2 часа довольно рискованно в случае задержки первого рейса.

Если только с ручной кладью и рейс в Стамбул не опоздает, то успеете. Только надо быстро-аэропорт огромный. Через транзитную зону. И заранее посадочный талон до Афин распечатайте при возможности.