Если я снимаю 2 квартиры в Порту и Лиссабоне и обе официально зарегистрированы в финансаш то я могу выбрать любую для регистрации в НИФ?

Скорее всего при первой смене адреса сотрудник налоговой захочет, чтобы это был тот же адрес, что и в карточке резиденции. Но потом, получив первый португальский адрес, вы можете поменять его на любой другой, где у вас есть доступ к почтовому ящику.