Если летишь через Индию то там делаешь визу и в Непале уже не надо делать верно?

Индийская виза это одно, непальская другое. Непальская делается на месте по прибытию, индийская - онлайн.

Индийская нужна если нужно выйти "в город": пересадка подразумевает что Вы заберёте багаж и перейдете из одного терминала в другой. Надо смотреть по рейсу, некоторые пересадки делают через транзитную зону аэропорта и тогда виза не нужна. Тот же авиасейл насколько знаю пишет если виза будет нужна.