Делаю замену загран паспорта в Аргентине, может ли измениться транслитерация написания имени фамилии в новом паспорте ? Сталкивался ли кто-нибудь с таким ?

Вообще да, меняют (если у вас по каким-то причинам сохранилась старая), но можно заполнить заявление и приложить к нему документы, например, ДНИ или что ещё, где есть старое написание.

Может. вы должны отдельно им сказать как нужно написать ваше имя. упирайте на то, что у вас все предыдущие визы и история посещений иначе не будет биться.

Могут. При подаче доков и снятия отпечатков и фото, пишите заявление на изменение написания ФИ. Даже если в текущем написано как вам надо, и в анкете будет так же, могут изменить. Определяющую роль играет именно отдельное заявление на изменение. Если уже в процессе, поздняк. Меняла в окт, именно в таком порядке меняла данные (а по факту сохраняла текущую англ транслитерацию).