Хочу поставить штамп на Боснийской границе, ТК три месяца прошло уже. Но мой паспорт кончается через два месяца. Пустят обратно?

Каждый месяц это нужно делать. И нет, с двумя месяцами паспорта обратно вас не пустят.

Вы вообще похоже все перепутали 1. Выезжать нужно раз в месяц (гражданам РФ) и НЕ для получения белого картона, а потому что это максимальный срок пребывания. У белого картона нет срока действия, он может быть действителен и день, и полгода 2. Если вы остаетесь по системе 90 дней, то визаран не помогает, потому что 90 дней — это по принципу 90/180, когда в полгода можно находиться максимум 90 дней 3. С паспортом в два месяца до истечения его срока вас в Сербию не пустят.