Я ведь правильно пониманию, что при при коротком транзите в Йоханнесбурге при условии единого билета виза не нужна (так-то гражданам Эстонии для посещения ЮАР требуется виза)? Лечу дальше в Намибию.

Уточните в авиакомпании и на ваших билетах. К сожалению, большинство вариантов стыковок в йоханнесбург предполагают прохождение транспортного контроля, забирание багажа и повторную сдачу на следующий рейс. Не знаю почему такие правила, но вот так.