У меня ситуация вышла: есть уведомление о регистрации и сегодня кончается. У меня есть 3 дня, чтобы продлить регистрацию? Или это только после пересечения границы 3 дня считаются?

Уведомление - это не регистрация. Сколько дней вы уже в РК? Уведомление это обязанность и ответственность собственника жилья. При переезде даже заново его подаёт новый собственник, в течение 3 дней. Поэтому его можно продлить или подать заново в любой день, без перезаезда. Но только уведомление не даёт права находиться на территории РК сверх установленного срока, вне зависимости от срока в уведомлении.