Скажите пожалуйста, есть ещё один поезд, который останавается в Кяне ночью часа в 3. Какие есть варианты туда добраться в это время из Вильнюса?

Думаю, или такси, тут были номера водителей. Либо приехать заранее и тусить в Кяне.

Как вариант, можно сесть на него в Кибартай, хоть дорога туда дольше, может, ждать меньше придется.