Можно ли для открытия ИП указать IBAN не португальского банка (немецкого) и пользоваться им для ведения деятельности? А позже открыть португальский счет и поменять. Помогите прояснить, пожалуйста)

Португальской налоговой не нужен ваш счет и не интересует куда вы платежи получаете, вы его там указываете не для "ведения деятельности" а только для возможных вычетов по налогам если таковые ожидаете. Можете указать любой ибан, даже чужой, проверить это невозможно, но после открытия вас могут пропросить предоставить подтверждения что счет ваш если захотите можете принести его, иначе будет висеть неподвержденный. На деятельность ИП это никак не влияет. Обратите внимание что открывая ИП в конце года вы теряете первый льготный по налогам год.