Если срок пребывания в КЗ составлял 90 дней, а я выехал раньше, и мне сказали что осталось 6 дней. То, получается я через 90 дней могу так же быть там 90 дней?

Через 90 дней у вас будет 6 дней. В день заезда нужно проверить, сколько дней были в РК за последние 180, и это число вычесть из 90.

Да, будет 90, потому что 180 будут сдвигаться с каждым днём пребывания.