Я гражданин РФ, планируем заключить брак с гражданкой Эстонии, но на территории РФ После этого мне нужно будет подавать документы на визу или она сначала должна будет прислать приглашение?

После заключения брака в РФ супруга должна будет внести соответствующие данные в регистр народонаселения (она должна знать, как туда разные документы вносятся. Онлайн вроде). Только после появления соответствующих сведений в базе она будет считаться вашей супругой для Эстонии.