Подскажите, я, возможно, поеду в Японию на работу в университете, на позицию постдок. При этом, если получится, собираюсь переезжать с супругой.

А почему нет, это полностью вне юрисдикции Японии. Главное наверно не ходить с плакатом что я работаю в Японии фрилансером, так как тут скорее всего есть бюрократические нюансы (имеет не имеет право и проч.), а так сидит дома, чего делает кто будет знать? А карта, ну иностранная, ну ок.

Может, но должна будет платить налоги в Японии.

Спокойно работает пусть, не афишировать по всей Японии и норм. я сама подрабатываю фрилансеров и другими( дизайнер, администратор и и д, удаленно). Сама себе. если дома на себя норм, если устраиваться будет где то в компании, то там все за нее сделают( налоги, страховки и т. д, вычислять будут с ее з/п и чистыми выдать(белую)). А если сама на себя дома, то вообще никаких налогов платит не будет.