Подскажите пожалуйста, могу ли я въехать в Эстонию с ВНЖ Германии, в котором указан один загранпаспорт, а предъявить второй, т.к. первый находится на оформлении визы?

Скорее всего, да, но для полной уверенности можно написать на ppa@politsei. ee и спросить. Это погранохрана. Можно по-русски.

У меня были проблемы, правда на финской границе. При том, что срок того паспорта просто истек, мне сказали, что надо возить оба. Но было фото старого и пропустили, но долго я долго ждала, пока с документами он куда-то ходил. Хотя бы фото старого имейте.

С большой вероятностью нет. Ваша карта внж привязана к загран паспорту. Вам надо иметь на руках именно тот загран, номер которого указан на карте внж.

Лучше иметь с собой оба паспорта или хотя бы фото старого. У меня была подобная ситуация в прошлом году. Как почуяла, взяла старый паспорт с собой. Сразу все вопросы отпали. Но меня предупредили, что больше не пустят через границу.