Скажите, комиссия 3% при оплате через Алипэй берётся независимо от того, с баланса или с карты платишь?

Пополнение баланса тоже связано с потерями на конвертации рубль --> CNY. В итоге, похоже, никакой разницы — что напрямую с привязанной карты, что с баланса.