Подскажите пожалуйста, если икамет оформлен на один загран, и потом был получен второй загран, то по какому паспорту правильно будет выехать и заехать в турцию , чтобы не было потом проблем с продлением?

Заехать нужно точно по новому, а потом сходить в Геч и сказать, что вы поменяли паспорт и заехали по новому.

Я, когда получила новый паспорт, но у старого оставался срок 4 месяца, продлевала по старому (въезжала дважды по нему), при продлении писала старый номер паспорта и в документы вкладывала новый паспорт. Потом уже только с новым паспортом продляла, поскольку и по новому уже ни раз выезжала.

И вам система не даст вписать старый паспорт, если у него до конца срока осталось меньше двух месяцев. Так что однозначно ехать по новому и писать при продлении новый.