Подскажите, пожалуйста, как тут добираться до островов Малайзии? есть какой-то общественный водный транспорт?

Разумеется, водный транспорт есть и он - общественный. Но прежде, чем доплыть на нём до островов, нужно добраться до городов, в которых находятся причалы. Варианты всегда - самолёт + автобус (или такси) до причала. Или ночной автобус + такси. Длительность перелёта зависит от того, на какие острова Вам нужно - они есть как у полуостровной (западной) части Малайзии, так и у островной (восточной ) - у Борнео.