Подскажите по какому паспорту лучше влетать в Россию, если год не был в стране, и не уведомлял еще о гражданстве Израиля.

Во-первых, тут нет опции выбирать, по какому паспорту въезжать. Если вы гражданин России, то российским пограничникам должны показывать российский паспорт. Во-вторых, если после получения иностранного гражданства в Россию ещё ни разу не приезжали, уведомить надо в течение 30 дней после первого приезда.