Если у меня жилье на неделю забронировано в Нара, но я собираюсь посещать Киото, нужно ли записывать Киото в программу пребывания, если у меня там нету адреса.

Нет Вы можете программу условно составить - но с привязкой к месту отеля, чтоб не было совсем странно. Но Нара ж не далеко от Киото, поэтому можете и вписать.

Конечно напишите про Киото! жильё в Нара! Вы же возвращаться будете !