Заполняю форму на mne. gov. pt. мы подаемся с женой, она идет как +1 (у нее нету счета) как в этой форме указать\связать нас в обобщенный кейс? или это уже как-то на месте при подаче?

Если это D7 из РФ , то только индивидуальная подача, т. е. отдельный кейс на каждого Ну или как (почти) все делают - муж по D7, жену легализовать по воссоединению уже изнутри Португалии.