А разве в Португалии действует двойное налогообложение? Получая зп в РФ и платя налог в РФ я и в Португалии буду платить налог?

Двойное налогообложение действует для тех налогов, которые не попадают под соглашение об избежании двойного налогообложения. Перечень попадающих под соглашение налогов в ст. 2 СИДН.

И, кстати - получая зарплату в РФ по трудовому договору и став НР Португалии, вы перестаете платить НДФЛ с зарплаты в РФ, только соцвзносы. Подоходный налог на зарплату IRS вы будете платить только в Португалии. Но это регулируется не CИДН, а НК РФ и CIRS.